复旦大学的前身是马相伯于1902年创办的震旦学院。震旦开学一年多之后，因法国教会势力干预学校教务，篡夺校政，以于右任为首的绝大部分同学愤然退学。1905年，他们重新拥戴马相伯创立了复旦公学，校名“复旦”便是于右任所取，表示不忘“震旦”之旧，更含复兴中华的意义。
“复旦”二字出自《尚书大传》中的一篇《虞夏传》。《尚书大传》的作者是公元前二世纪的大学者伏生，秦汉之际，六经中的《尚书》正是通过他的口头传授得以传承。《虞夏传》记载，舜禅让给禹时，“卿云聚，俊集，百工相和而歌卿云。帝乃倡之曰：卿云烂兮，糺缦缦兮。日月光华，旦复旦兮。”“复旦”二字便出于舜所唱的《卿云歌》。所谓卿云是一种祥瑞，《史记·天官书》记载：“若烟非烟，若云非云，郁郁纷纷，萧索轮囷，是谓卿云。卿云，喜气也。” 糺同纠，糺缦缦形容卿云纡徐曲折之状。“日月光华，旦复旦兮”意为“明明相代”，日月光辉长久照耀，象征舜禹禅让将给天下带来无穷光明与福祗。《卿云歌》因为出自传说中的圣贤之口，具有感召国民的巨大力量；而且舜以庶人登帝位，又禅让给禹，堪称平民政治的楷模，与清末推翻帝制建立共和国的时代背景颇为吻合。
复旦大学的诞生，是由于反抗宗教的强迫，追求学术独立与思想自由。复旦命名的初衷，是为了振兴中华，实现中华民族的伟大复兴。“复旦”二字高尚优美，意旨宏远，足以感发复旦人的爱国情怀。