原住民恢复传统姓氏推动多年，很多原住民依个人喜好决定姓名，受欢迎的名字很多人用，成为菜市场名。像“沙马哈”意为“勤奋的男人”，就常“撞名”；马英九的原住民名字“马耀”，有卓越领导、雄壮、活力四射及守护的意思，不少原往民也爱用。
由于这种命名方式背离传统氏族命名方式，使氏族制度受到影响。原住民委员会担心原民文化、传统，甚至血缘受戕害，发文给原乡机关，希望今后原住民申请恢复传统姓氏，尽量回归部落氏族制，以免脱离历史传统、造成混淆。
台东县府民政处户政科统计，今年1月到7月间，全县共405人申请恢复原住民姓氏，这还不包括为了取得原住民身分，仅冠上有原住民身分父母的新复姓。而全台原住民申请恢复传统姓氏，已超过2万2千人。
户政科表示，2006年台当局就针对原住民恢复传统姓氏制定办法，但多年来并未强制干涉，导致部分原住民都依自己的喜好命名，也背离传统部落氏族的命名方式，虽然日久见怪不怪，但原民会认为这对原住民恢复姓氏没有正面意义。
未依氏族制命名的结果，导致原住民社会出现许多菜市场名，因为人人都希望自己有个好名字。除了马耀、沙马哈外，台东县长黄健庭也有原住民名字“阿浪”，在台东阿美族语意指风流倜傥、帅哥；不过，同一个阿美族名字，在桃园复兴乡却是“色狼”的意思。
县府原民处认为，原住民恢复传统姓氏值得鼓励，但最好考虑早期部落氏族、家族命名方式，这样才有意义。以布农族为例，当初被政府强迫改汉姓后，原有部落氏族秩序大乱，同一氏族的族人，住南投可能姓松，住台东却姓江，如果恢复旧姓氏，就不会混乱。
不过部分阿美族人并没有氏族制，恢复传统姓名就须提供长辈命名的参考数据。户政科表示，类似情况要阐明用语来源，如父母、祖父母等长辈和这些用语的渊源，否则如果任意命名，也不利日后部族历史寻根溯源。